實施ERP系統后，企業所遇到的業務風險一般來自4個方面：業務流程、應用架構、數據質量和技術架構。其中，業務流程的轉變對企業內部控制的影響最大，對企業內部管理和財務方面的監控提出了新的要求，這方面的風險特征相比過去發生了根本性的變化。例如，在ERP系統中，通過對手工流程的機器處理，審批處理自動化等，進一步增強了完成各種業務流程的效率。但是，在新的業務執行環境中，這些審批處理自動化方法將改變企業內部原有的一些風險特征，這時相應的內部控制體系就需要重新評估和設計。這樣一來，一方面導致企業所處的內部風險環境發生了變化，過去手工狀態下的控制風險，由于ERP系統的引入而變得更加復雜;另一方面，ERP系統的實施需要對原有的業務流程進行優化和設計，改變了企業的組織結構。值得注意的是，在ERP系統實施過程中，某些二次開發工作會削弱系統中已經設置好的控制，從而產生新的風險，這時必須用手工控制來彌補。

        由于不同系統的數據格式可能完全不同，為了實現數據的傳遞，就需要進行一系列的轉換。這就要求針對不同的技術平臺和特點開發不同的接口，這些接口會產生新的控制方面的問題和風險。另一方面，許多企業在實施了ERP系統后，陷入了用戶訪問方面的問題。比如，如果訪問權限開放給不應該擁有訪問權限的個人或團體，它將極大地提高數據遭到破壞的風險。缺乏對這類用戶權限的有效控制，會降低那些敏感交易的安全性。所以，用戶訪問對敏感交易的訪問需要通過有效地控制，例如責權分離的原則加以限制。很少有企業用一個系統將企業所有的數據和流程都管理起來。所以，ERP系統和其他系統之間的接口是實現不同系統間數據互聯互通的必需。如ERP系統與物業管理軟件的聯接、與物業管理財務收費的聯接、與租售軟件的聯接、與電氣抄表系統的聯接等等。這些位于不同系統之間的接口是一個重要的風險區域。

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